Historia czasopisma rozpoczęła się w 1955 roku wraz z przygotowaniem do wydania pierwszego tomu Rocznika Muzeum Pomorza Zachodniego pod tytułem „Materiały Zachodnio-Pomorskie”, który ukazał się w 1957 roku. Powołania regionalnego periodyku naukowego, idąc za radą Profesora Józefa Kostrzewskiego, podjął się ówczesny dyrektor szczecińskiej placówki muzealnej – Władysław Filipowiak, który został również jego redaktorem. Zgodnie z deklaracją zespołu redakcyjnego zamieszczoną we wstępie do tegoż tomu, stałe wydawnictwo Muzeum Pomorza Zachodniego zostało założone w celu prezentacji prac naukowo-badawczych w zakresie dyscyplin historycznych prowadzonych w całym ośrodku szczecińskim. Funkcję sekretarza objęła Alicja Hamling, która wzięła na siebie ciężar zasadniczych prac redakcyjno-wydawniczych w dwudziestu dwóch tomach Rocznika. W skład pierwszej Rady Redakcyjnej weszły osoby, które ówczesnym i późniejszym dorobkiem naukowym zapisały się na stałe w dziejach badań nad historią i sztuką oraz w muzealnictwie i ochronie zabytków na Pomorzu w 2. połowie XX wieku: Zofia Krzymuska-Fafius, Jadwiga Oczkowska-Najdowa, Przemysław Smolarek, Henryk Lesiński i Henryk Dziurla.

Z biegiem czasu skład osobowy redakcji ulegał stopniowym zmianom, jednak przyjęte od początku założenia były konsekwentnie rozwijane i realizowane, co w dużej mierze jest zasługą Profesora Władysława Filipowiaka, który przez 45 lat pełnił funkcję redaktora. Już w II tomie czasopisma, obok opracowań o charakterze studiów oraz prezentujących wyniki aktualnych badań z różnych dziedzin historycznych, pojawiły się stałe działy, w których publikowane były odkrycia archeologiczne, sprawozdania z działalności zachodniopomorskich placówek muzealnych oraz materiały do bibliografii archeologii Pomorza Zachodniego. W kolejnych tomach zawartość periodyku poszerzona została o recenzje i omówienia, zagadnienia dotyczące konserwacji zabytków, rozwoju zasobów bibliotecznych oraz o rubryki okazjonalne. Wraz z rozwojem instytucji badawczych na Pomorzu Zachodnim i wzrostem zainteresowania dziejami ziem pomorskich wśród uczonych z sąsiednich regionów, a także nawiązywaniem kontaktów z naukowcami z różnych obszarów nadbałtyckich, poszerzeniu ulegała również problematyka opracowań zamieszczanych w czasopiśmie, która obejmowała nowe dziedziny badań nad kulturą regionu oraz nowe terytoria, jak choćby opracowania badań afrykanistycznych prowadzonych przez szczecińskich muzealników. W 1965 roku, poczynając od X tomu (za rok 1964), został zmodyfikowany tytuł czasopisma, które odtąd, aż do 2000 roku, ukazywało się jako „Materiały Zachodniopomorskie”. Wraz z podniesieniem rangi szczecińskiej placówki muzealnej, od tomu XVI czasopismo było Rocznikiem Muzeum Narodowego w Szczecinie. W 2000 roku wydany został ostatni – XLVII – tom periodyku w dotychczasowej formie i szacie graficznej przyjętej w połowie 50. lat XX wieku.

Wraz z objęciem stanowiska dyrektora Muzeum Narodowego w Szczecinie przez Lecha Karwowskiego, który został także redaktorem naczelnym wydawnictw muzealnych, zapadła decyzja o zmianie szaty graficznej i charakteru „Materiałów Zachodniopomorskich”. Powołana została Nowa Seria, w ramach której wyodrębnione zostały zeszyty tematyczne: 1 – Archeologia i 2 – Historia Sztuki, a numerację tomów rozpoczęto od początku. Po okresie reorganizacyjnym, w 2004 roku ukazały się pierwsze nowe zeszyty, których kolejne woluminy ukazują się obecnie.

Zeszyty Archeologiczne „Materiałów Zachodniopomorskich” Nowej Serii, po zmianach redakcyjnych, od 2010 roku publikowane się regularnie. Uzupełnione zostało wydanie roczników za lata 2007-2009, a od 2011 roku wydawane są bieżące tomy. Wprowadzony został także podział na stałe działy, który nawiązuje do układu przyjętego w tomach ukazujących się w latach 1955–2000. Wznowione zostały także materiały do bibliografii archeologii Pomorza Zachodniego. Zeszyty Archeologiczne aspirują do prezentacji wyników studiów i badań archeologicznych oraz dziedzin pokrewnych na Pomorzu Zachodnim, a także publikacji prac naukowo-badawczych z szeroko rozumianej strefy okołobałtyckiej. W nawiązaniu do tradycji, prezentują także aktualne wydarzenia naukowe i muzealne, które stanowić mają kanwę przyszłych badań nad historią archeologii zachodniopomorskiej.